Resulta que no es la primera vez que me pasa y ahora me dispuse a comprobar que era lo que pasaba, resulta que si abro algún programa por ejemplo en este caso abri el burg-manager con permisos de administracion y desde el abro algun enlace el pinchi Google Chrome me abre unos archivos y cambia los permisos de los mismos a propiedad del usuario root, para arreglarlo unicamente hay que cerrar el Chrome y desde la consola:
sudo chown -R tu-usuario:tu-usuario .config/google-chrome/
Listo, solucionao esta.
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